长江委水文局现设有90个水质常规监测断面、94个省界监测断面、86个重点水功能区监测断面、15个三峡工程生态与环境监测水量水质同步监测重点站断面、35口地下水监测井和7个水生态试点监测断面。

设有7个水环境监测中心和7个水环境监测分中心，实验室面积达11000多平方米。配备有流动注射分析仪、气相色谱质谱仪、液相色谱仪、电感耦合等离子体发射光谱仪等水质检测分析设备1000余台套。有2个水质应急监测移动实验室和11座水质自动监测站。能进行地表水、地下水、大气降水、污水与中水、生活饮用水和饮用天然矿泉水、土壤与底质、海水等七大类一百余项参数分析测试工作，为长江流域实施最严格水资源管理及水资源与水生态保护提供基础信息支撑。